问题一中，您在尝试使用`margins`命令计算边际效应时遇到了错误。这个错误信息“option pr incorrectly specified r(198)”通常意味着您在预测选项里指定了一个不被接受的预测类型。在`ivtobit`模型后，`predict(pr)`并不适用，因为`pr`代表的是概率值，而在`ivtobit`中，预测默认使用的是线性预测（即潜变量的期望值），而不是观测到的1或0的概率。
要解决这个问题，您需要正确地指定边际效应的计算方式。在`ivtobit`模型后，使用`margins`命令时，通常我们不直接用`predict(pr)`，而是先进行线性预测，再基于这个预测值来估计边际效应。但是，由于`ivtobit`的复杂性（它是一个两阶段最小二乘与截断回归结合的方法），计算边际效应并不直观。
对于问题一，您可能需要查看是否`margins`命令后有其他参数没有正确指定或者使用了不适用于`ivtobit`模型的预测选项。您可以尝试以下步骤：
1. 确认您的数据和模型设定无误。
2. 使用`predict()`命令生成`ivtobit`模型的线性预测值或潜在变量的期望值。
3. 再次使用`margins, dydx(X2)`来计算X2对因变量Y1边际效应时，不加`predict(pr)`选项。
问题二中，在运行带有bootstrap标准误估计的`ivtobit`模型后，再使用`divprob`命令可能是因为您想要进行内生性检测。但是，`divprob`命令通常用于检验在`probit`或类似模型中的内生性，而`ivtobit`模型本身已经包含了处理潜在内生性的工具变量方法。
如果您仍然遇到问题，建议详细检查`ivtobit`和`margins`命令的文档说明，并确认所有参数和选项都正确无误。在复杂分析中，有时可能需要手动计算边际效应或其他统计量，这可能涉及到更多的数据操作步骤或使用自编程序来实现。
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