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2020-07-22
我想基于系统发育特征向量回归(PVR)分析系统发育对植物某一特征的影响,利用主坐标分析(pcoa)求出了系统发育距离矩阵的特征向量,目前遇到的困难是不知道从中提取哪几个特征向量进行分析,如图,我看到论文里写要用broken stick方法选取变量:The broken stick method states that PC axes should be added until the cumulative explained variance is surpassed by that expected by a broken stick. 可是我算出来的结果都是Cumul_eig比Cumul_br_stick大,难道所有的特征向量都要选择进去吗?或者说基于特征向量的贡献率进行提取,那贡献率是看Relative_eig 这一列吗?请大佬看到能否帮忙一下,不胜感激!
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