个人感觉可能是农业总产值是指农林牧渔产品数量与价格的乘积形成的产品价值总额。而农业GDP是这一年生产的农产品的价值，是一个新创造的价值。由于农业总产值有些并不通过市场交换而形成GDP，所以农业总产值会比农业GDP要大一些。不知道是否正确，仅供参考。

其实在农业板块中既有农业总产值 还有农林牧副渔总产值这两个不一样

不过你说的农业生产中有些产出不计入GDP这个很有道理

这可能就是农业总产值>农业GDP的原因

本人写论文也遇到同样问题，网上说：
农林牧渔业总产值 指以货币表现的农、林、牧、渔业全部产品的总量，它反映一定时期内农业生产总规模和总成果。农业总产值的计算方法通常是按农林牧渔业产品及其副产品的产量分别乘以各自单位产品价格求得；少数生产周期较长，当年没有产品或产品产量不易统计的，则采用间接方法匡算其产值；然后将四业产品产值相加即为农业总产值。1957年以前的农业总产值中包括了厩肥和农民自给性手工业(如农民自制衣服、鞋、袜，自己从事粮食初步加工等)。1958年及以后的农业总产值，林业中增加了村及村以下竹木采伐产值；牧业中取消了厩肥产值；副业中取消了农民自给性手工业产值，增加了村及村以下办的工业产值；渔业中增加了海洋捕捞水产品产值。1980年及以后的农业总产值，在副业中增加了农民家庭兼营工业商品部分的产值。从1984年起村及村以下工业产值划归工业。从1993年起取消副业，将野生动物的捕猎划入牧业、野生植物采集和农民家庭兼营商品性工业划归农业　　没有第一产业生产总值这个说法，应该是第一产业增加值即　　农业增加值：指项目在报告期（一年）内农林牧渔及农林牧渔业生产货物或提供活动而增加的价值，为农林牧渔业现价总产值扣除农林牧渔业现价中间投入后的余额。中间消耗指生产过程中所消耗的各种物质产品的价值。　　农业增加值通常采用生产法计算，即：　　农业增加值＝农业总产出-中间投入
自己查了一下，确实没有第一产业生产总值这个数据。
个人推测农业GDP应该就是农业总产值。

农业GDP=农业增加值＝农业总产值-中间投入
农业=第一产业