再贴现业务的主要缺点是再贴现业务的主动权在商业银行,而不在中央银行,这就限制中央银行的主动性;再贴现率的调节作用有限。繁荣时期提高再贴现率未必能够抑制商业银行的再贴现需求,因为商业银行的盈利更高;萧条时期降低再贴现率也未必能刺激商业银行的借款需求,因为此时的盈利水平更低。而且再贴现率不能经常调整,否则市场利率的经常波动,会使商业银行无所适从。此外,再贴现业务的最大缺点在于它具有顺经济走势的倾向,繁荣时期的物价上涨使得再贴现票据的金额上升,货币供给增加;萧条时期的物价下跌,又使得再贴现金额下降,货币供给减少。货币政策因此可能在繁荣时期“火上加油”,而在萧条时期“雪上加霜”。