两株生防链霉菌全基因组测序分析及几丁质酶家族基因鉴定
链霉菌FT05W(Streptomyces sp.FT05W)和ZEA17I(Streptomyces sp.ZEA17I)是两株对烟草黑胫病等土传真菌病害具有良好拮抗作用的生防放线菌。为了明确其系统进化关系,本研究应用了多位点序列分析的方法,对16S rDNA,gyrB、rpoB、atpD和recA五个基因进行扩增测序,利用上述基因序列与56个参考链霉菌菌株序列构建系统发育树。
结果显示链霉菌FT05W在亲缘关系上与S.griseoplaus近缘;链霉菌ZEA17I是与S.griseobrunneus近缘。为了进一步探索两个菌株的生物学功能,本研究分别利用Miseq PE300和Illumina Hiseq测序平台对链霉菌FT05W、ZEA17I进行全基因组测序。
结果表明,从链霉菌FT05W中共获得6914188个reads,平均序列长度为301 bp;其中reads1 91.60%的碱基序列测序质量值都高于20(Q20),reads1 82.94%的碱基序列测序质量值都高于30(Q30),reads283.99%的碱基序列测序 ...