利用混池测序检测不同鸡种的全基因组结构变异
鸡是最早被人类驯化的禽类之一,鸡蛋和鸡肉都是现代人类重要的蛋白质来源。经过漫长的进化和选择过程,鸡逐渐形成了现在丰富多样的品种。
对鸡的遗传多样性和群体进化的研究有相当重要的生物学意义,多个研究表明结构变异在这些方面具有重要的作用。随着生物芯片技术以及第二代测序技术的发展,给基因组中结构变异的研究带来了极大的便利和革新。
现在通常意义所指的结构变异是基因组中变异的碱基数大于50bp的变异,主要包括插入、缺失、倒位、转座和拷贝数变异。虽然结构变异的绝对数量没有单核苷酸变异以及短的插入缺失多,但是由于结构变异影响的碱基总数更多,所以对于全基因组来讲,结构变异带来的影响可能会更大。
对人类的研究发现,结构变异所影响碱基总数最大可能占到人类基因组的5%。近年来,由于人们渐渐意识到结构变异对群体多样性以及重要性状等方面具有重要作用,使得结构变异的研究越来越受到广大科研工作者的广泛关注。
本研究利用第二代测序技术结合基因组混池的方法,对4个具有代表性的鸡种各选择了20只鸡基因组混池之后进行全基因组混池测序。这种方法通过降低每个个体基因组的代表性,达到高效 ...