我理解的是你要做一个分类的统计，比如你的数据输入到R中命名为data,要统计chr1类，
mean(data$Data_Value[which(data$Start_Position<100000 & data$Chromosome=='chr1')])

差不多，但是怎么做到每个chromosome类型中，start—position每100000内的data_value求平均，用R做循环太慢

你的数据有多大

60万行

不需要循环的，有cut函数对位置分组创建新的因子，然后再算，下面代码不知道行不行
library(tidyverse)
step= seq(start最小值，star最大值，by=100000）
data %>%
mutate(start_10000= cut(Start_Position,step) %>%
group_by(chromosome,start_10000) %>%
summarise( mean= mean(data_value))