河海的应用经济学总体来说比较弱，技术经济及管理专业较强，你可以选择考这个专业。但楼上许多仁兄都已经说了，我觉得还是选一个专业相对较好的学校吧，比如财经类的，如中南财经政法大学等。

河海大学是一个工科见长的大学，南京农业是一个农业见长的学校。
河海大学，看名字就知道与河海有关，其水利在国内很牛逼；
南京农业虽在中国农业和华中农业之后，但是农业学科及专业是其主要根基，经管方面并不是很强。
楼主喜欢应用经济学为什么不去考个财经类的院校？
楼上推荐的中南财经政法大学就不错，考上的难度不是很大；或者其他院校。

不知道你是喜欢南京这个城市还是因为南京大学的研究生比较难考？
如果两者原因都是，可以选择东南大学，这个学校不仅是211还是985，在南京甚至华东、苏南地区的影响力都是很大的。

楼上的诸位对这两所大学到底了解多少啊。。。。。