两阶段最小二乘法估计和GMM都运用了工具变量，两阶段最小二乘法估计中运用的工具变量一般都是其他变量，而GMM的工具变量都是该解释变量的滞后项。

GMM是一个稳健估计量，是相对于一般的OLS，GLS和最大使然估计法而言的，他们都是GMM的特例，GMM不要求扰动项的准确分布信息，允许随机误差项存在异方差和序列相关，所得到的参数估计量比其他参数估计方法更合乎实际，他是一个大样本估计，小样本慎用。而两阶段最小二乘法的使用一般是解释变量存在内生性时，采用的估计方法，如果所选用的工具变量满足要求，其实也无所谓选择其他变量或者内生变量作为工具变量进行估计。