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2021-04-04
这是报错内容
Error in model.frame.default(all_vars_terms, data, na.action = na.pass,  :
  invalid type (list) for variable 'resp_rate(area)

这是我想进行的分析
fit_culm_numbers<-brm(formula=cNo~canopy*year2+resp_rate(area)+(1|plot),
+              family = poisson(),
+              data=dd,
+                          seed=1,
+              prior=c(set_prior("",class="Intercept"),
+                      set_prior("",class="sd")),
+              chains=4,
+              iter=50000,
+              warmup=20000,
+              thin=1,
+              control = list(adapt_delta=0.97,max_treedepth = 15,stepsize=0.001))

resp_rate项中的area是作为一个分母来使用,错误的意思我大概搞懂了,应该是说我area的数据类型不对。
我参考了网上的很多方法,把数据集dd 用as.data.frame改成了data.frame的数据类型,但是运行程序仍然报一样的错误。
fig.png
上图是我的数据resp_rate(area) 中的area是每个样方的面积,都是一样的为4。
正常是应该用offset(log(area))来把所有数量分别处以面积。
brms中用resp_rate替代了offset。

我隐约感觉到犯了一个很低级的错误,可我想了很久就是想不到,求助各位大神啦,谢谢大家!!!!


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2021-4-5 13:47:55
求助 求助~~~~
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2021-4-6 10:08:35
顶顶顶
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2021-4-6 10:18:45
resp_rate(area)是变量名字吗,如果是的话,是非法变量名。另外,你可以提供一小段数据,你这个描述方法,人家只能猜谜。
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2021-4-6 22:49:05
owenqi 发表于 2021-4-6 10:18
resp_rate(area)是变量名字吗,如果是的话,是非法变量名。另外,你可以提供一小段数据,你这个描述方法, ...
已经追加了解释,resp_rate() 是一个function的用法,功能大概和offset差不多,括号里的是分母
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2021-4-7 11:24:57
我看了一下数据,有一个地方没弄明白,你的canopy的值是“bu”,这东西乘上数字还有意义?
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