参考文献是科技期刊论文的重要组成部分，它不仅是科技论文技术水平的高度体现，也体现了作者严谨、认真的学术态度及尊重其他科研人员学术成果的学术道德。但赛恩斯编译在阅读中发现，许多科技期刊论文在参考文献的引用方面存在一些问题，例如：
　　一、文献内容错乱。文献内容错乱是指文中引用部分的内容与参考文献中的内容不一致。此现象很可能是作者参考的文献较多，或者在完成著作时阅读了大量的文献，而在引用时疏忽，造成文献内容错乱；再者编辑没有进行进一步的核对，或者只对文献的著录格式进行校对，没有对文献内容与引文内容的相关性进行校对。因此，在论文完成后，作者要对论文中的文献内容进行复核，同时编辑也要认真开展文献的甄别工作，不能只对文献的录用格式进行校对。
　　二、文献序号错乱。文献序号错乱问题在论文中时常发生，特别是在综述性论文中此现象更为常见。发生此现象的原因是作者在写作之前阅读了大量文献信息，而在写作时按照自己的语言特色和习惯进行撰写，同时还进行多次修改，而在完成参考文献时按自己查阅文献的先后顺序进行撰写，导致文中的文献顺序编码错乱。这样，一方面给自己的校对带来不便，另一方面也增大了编辑部的工作量。
　　三、虚假引用。文献的虚假引用，是科技期刊论文中较为常见的问题。一方面是由于作者特别是新作者缺乏科技论文写作方面的经验，在写作时较少查阅相关文献，甚至是不查阅文献，当论文主体完成时发现没有参考文献，这时就在期刊网上随便找几篇，就论文的相关性根本不做校对，导致文献内容和自己的论文无相关性，甚至是观点相悖。另一方面是由于有的期刊对参考文献数量做强制要求，作者为了自己的论文能被采用，只求文献的数量，而缺乏论文相关性的考虑。
　　四、链接性引用。链接性引用文献最大的缺点就是缺乏求真，文献与论文之间有一定的相关性，但相关性不够紧密。产生的原因是作者就论文中的某一参考文献进行引用，这篇论文与自己论文的相关性较大，为了尽快完成著作，作者便将文献引用的文献全部作为自己的参考文献，对文献的内容根本不做查证或者阅读。
　　五、集团性互引。受中文核心期刊的驱使，有些同行期刊之间为了提高影响因子而不被检索机构查出，将期刊中的论文互相引用。这些文献根本就不是作者写作时所参考的论文，而是期刊社在论文出版时强行加载到作者论文的参考文献中，后果是作者的著作权受到了侵犯，学术的严谨性受到了质疑，作者为了自己的论文能被发表而对期刊社的这一行为表示默许。