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2021-8-17 08:17:57
多一个步骤,你可以用strsplit把这个title分开,然后取第三个和第四个。
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2021-8-17 09:27:59
owenqi 发表于 2021-8-17 08:17
多一个步骤,你可以用strsplit把这个title分开,然后取第三个和第四个。
老师能告诉下代码吗?万分感谢!!!!
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2021-8-17 09:30:13
sdzyydx2019 发表于 2021-8-17 09:27
老师能告诉下代码吗?万分感谢!!!!
来自一个没有编程基础的医学生求助。
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2021-8-17 10:38:26
sdzyydx2019 发表于 2021-8-17 09:30
来自一个没有编程基础的医学生求助。
我意思是你原来title不是一个变量吗,然后你用strsplit就可以变成另外5个多出来的变量,然后你就选择你需要的变量进行筛选,分组就好了。你这没有数据的,我也不好写啊。
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2021-8-17 16:55:14
owenqi 发表于 2021-8-17 10:38
我意思是你原来title不是一个变量吗,然后你用strsplit就可以变成另外5个多出来的变量,然后你就选择你需 ...
if(F){
  library(GEOquery)
  eSet <- getGEO('GSE4745', destdir=".",
                 AnnotGPL = F,
                 getGPL = F)
  save(eSet,file='GSE4745_eSet.Rdata')
}
load('GSE4745_eSet.Rdata')


b = eSet[[1]]
raw_exprSet=exprs(b)
phe=pData(b)
library(stringr)


group_list= str_split(as.character(phe$title),'_',simplify = T)[,3:4]


table(group_list)
save(raw_exprSet,group_list,
     file='GSE4745_raw_exprSet.Rdata')

rm(list=ls())
if(F){
  library(GEOquery)
  eSet <- getGEO('GSE4745', destdir=".",
                 AnnotGPL = F,
                 getGPL = F)
  save(eSet,file='GSE4745_eSet.Rdata')
}
load('GSE4745_eSet.Rdata')
b = eSet[[1]]
raw_exprSet=exprs(b)
raw_exprSet[1:4,1:4]
phe=pData(b)
phe$title
library(stringr)
str_split(title)
group_list= str_split(as.character(phe$title),'_',simplify = T)[,3:4]
group_list=paste0(group_list,'')
table(group_list)
save(raw_exprSet,group_list,
     file='GSE4745_raw_exprSet.Rdata')

老师,就是group_list分组那里,以title列的第3和第4个单词作为条件分组。上面代码是我复制的别的老师的。抱歉老师,我这上传不了分完组后的图片
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