审计结束后，审计组织应当对审计工作底稿进行分类整理，形成最终审计档案。审计工作底稿的归档期限为审计报告日后的60天内，并自出具审计报告之日起，至少保存10年。审计组织应当制定审计档案的管理制度，以确保审计档案的安全与完整。
在完成最终审计档案的规整工作后，如果发现有必要修改现有审计工作底稿或增加新的审计工作底稿，不管修改或增加的性质如何，均应记录：
①修改或增加的时间和人员，以及复核的时间和人员；
②修改或增加的具体理由；
③修改或增加对审计结论产生的影响。
对于保管期限届满的审计档案，审计组织可决定将其销毁，但在销毁之前，应对其进行最后的检查，然后再依照有关规定办理必要的审计档案的销毁手续。销毁时，有关人员应进行现场监督或检查，以保证被销毁的审计档案彻底销毁。