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2022-03-04
摘要翻译:
本文介绍了一种新的基因组信号处理工具,这些工具可以帮助提取基因组属性或描述嵌入DNA中的有生物学意义的特征。codongrams和a2grams是作为光谱图和标度图的替代提供的。一个基因组定义了20个不同的a^2克,每个氨基酸定义一个(valgram是a^2克表示缬氨酸,alagram是a^2克表示丙氨酸,以此类推)。它们提供了有关被调查氨基酸的分布和发生的信息。特别是,metgram可以用来找出基因在基因组中的潜在起始位置。这种方法可以通过提供一种DNA医学成像来帮助实施一种新的遗传病诊断测试。
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英文标题:
《Genomic Imaging Based on Codongrams and a^2grams》
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作者:
E.A. Bouton, H.M. de Oliveira, R.M. Campello de Souza and N.S.
  Santos-Magalhaes
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最新提交年份:
2015
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分类信息:

一级分类:Quantitative Biology        数量生物学
二级分类:Other Quantitative Biology        其他定量生物学
分类描述:Work in quantitative biology that does not fit into the other q-bio classifications
不适合其他q-bio分类的定量生物学工作
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一级分类:Computer Science        计算机科学
二级分类:Computational Engineering, Finance, and Science        计算工程、金融和科学
分类描述:Covers applications of computer science to the mathematical modeling of complex systems in the fields of science, engineering, and finance. Papers here are interdisciplinary and applications-oriented, focusing on techniques and tools that enable challenging computational simulations to be performed, for which the use of supercomputers or distributed computing platforms is often required. Includes material in ACM Subject Classes J.2, J.3, and J.4 (economics).
涵盖了计算机科学在科学、工程和金融领域复杂系统的数学建模中的应用。这里的论文是跨学科和面向应用的,集中在技术和工具,使挑战性的计算模拟能够执行,其中往往需要使用超级计算机或分布式计算平台。包括ACM学科课程J.2、J.3和J.4(经济学)中的材料。
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英文摘要:
  This paper introduces new tools for genomic signal processing, which can assist for genomic attribute extracting or describing biologically meaningful features embedded in a DNA. The codongrams and a2grams are offered as an alternative to spectrograms and scalograms. Twenty different a^2grams are defined for a genome, one for each amino acid (valgram is an a^2gram for valine; alagram is an a^2gram for alanine and so on). They provide information about the distribution and occurrence of the investigated amino acid. In particular, the metgram can be used to find out potential start position of genes within a genome. This approach can help implementing a new diagnosis test for genetic diseases by providing a type of DNA-medical imaging.
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PDF链接:
https://arxiv.org/pdf/1503.02536
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