（1）由于学科的差异导致了期刊影响因子的大小相差数十倍。某一学科期刊的总体水平只能针对自身的学科领域，因为无论影响因子还是总引用数在学科之间都没有可比性。
   （2）影响因子是一种统计学上的概念，是大量论文产生的结果。因此，影响因子用于评价期刊的整体水平是可行的。
   （3）期刊的发行间隔、每期收录的论文篇数各有不同。每期收录论文较多的期刊可能因为较容易获得引用次数，而在统计总引用次数上具有优势。
   （4）漏引和文献作者引用的不规范，诸如“转引”（对自己没有亲自查越过的文献从别人论文的引文中加以引用）；“崇引”（为装点门面，盲目搬用“权威名著”，或故意使用一些时髦的术语名词）；不恰当的“自引”（作者引用自己的文献表明研究工作的连续性，但有的作者引用自己已经发表的与著文主题关联不大或毫不相关的文章，以扩大自己的学术影响）。因此，虽然期刊的影响因子是期刊评估非常有用的工具，但有一定的局限性，必须正确对待。