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2011-08-19
我利用mgcv包的plot.gam作图,结局变量为二分类,本想做出一条FOLATE摄入量与HYPER_H发病的优势比Ln(odd ratio)的平滑曲线
程序如下:
A<-read.csv("file.csv",header=TRUE)
attach(A)
library(mgcv)
a<- gam( HYPER_H ~ s(FOLATE,bs="cr",k=7) + factor(SEX)+factor(BLACK_NH)+factor(HISPANIC)+factor(ETHN_OTHER)+factor(CURR_SMOKER)+factor(INF_HS)+factor(COLLEGE),family = "binomial",knots=list(x=seq(0,3.9),length=7))
plot(a)
数据和输出图像放于附件中。
我想问一下,输出图像的纵轴代表的是什么,是不是我所希望的Ln(odd ratio)?默认的ylab s(FOLATE,2.03)又是啥意思?
如果纵轴代表的不是Ln(odd ratio),还要请各位高手指教如何做出FOLATE摄入量与HYPER_H发病的优势比Ln(odd ratio)的平滑曲线
谢谢
file.xls
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2011-8-20 19:00:01

s(FOLATE,2.03) 代表Effective DoF for this term

算法如下:

first=a$smooth[[1]]$first.para

last=a$smooth[[1]]$last.para

edf <- sum(a$edf[first:last]) # Effective DoF for this term

edf                  # 2.025948

round(edf,digits=2)  #2.03

至于你想画Ln(odd ratio),可能需要你提供Ln(odd ratio) 的计算公式

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2012-5-1 07:56:06
请问一下这个图有什么含义么?怎么解释呢
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2016-4-30 10:42:32
请问作者解决了吗,我也遇到类似的问题了
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2017-8-13 10:49:06
天保无为德2 发表于 2016-4-30 10:42
请问作者解决了吗,我也遇到类似的问题了
最近也在做这个 同样的问题 您有解决吗 求指点啊
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2020-5-17 19:46:07
如果模型是 gam(y~s(x1)+x2+x3)
应该是模型拟合之后,得到的模型中s(x1)的值。也就是y中,x1所贡献的部分。

如果?plot.gam可以发现有以下解释:

[size=13.3333px]Takes a fitted gam[size=13.3333px] object produced by gam()[size=13.3333px] and plots the component smooth functions that make it up, on the scale of the linear predictor. Optionally produces term plots for parametric model components as well.

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