我不是很明白你的修补是什么意思，你可以显示那三个省（市）无数据，在图例上单独列出就可以。
ARCGIS软件主要是图与表的关联操作软件，针对SHP文件而言，你对属性表的操作都会体现在图上，你对图的的任何改变，属性表也会发生相应的变化。
你这个技术操作上不难，关键是你想清楚自己想怎么表达。
至于空间权重矩阵用GEO DA软件把你做好的带属性的shp文件导入（记住你要做属性的字段下不能出现重复字符名），然后就可以生成spatial weighted matrix.

重庆要剔除吗？还是和四川合并呢？
首先你要有你全国省级单位的shp原件，剔除的时候你在属性表中把海南，西藏，重庆删掉就可以，另外也可以通过命令 查询选取select by attribute.
GEODA可以生成 空间权重矩阵 你可以试一试

感谢楼上的。能否说具体一点用什么软件删除，大概按键是哪个？删除后具体怎么修补。谢谢。。

这里有使用手册，你自己看看吧，希望能帮助你

看的懂就行，主要就是模仿