Table of Contents
Acknowledgements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  1
1    Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  2
1.1   Imports . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  2
1.2   Export to text files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  3
1.3   XML . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  4
2    Spreadsheet-like data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  5
2.1   Variations on read.table. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2.2   Fixed-width-format files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  7
2.3   Using scan directly. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.4   Re-shaping data. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
2.5   Flat contingency tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  9
3    Importing from other statistical systems . . .  10
3.1   EpiInfo, Minitab, S-PLUS, SAS, SPSS, Stata . . . . . . . . . . . . .  10
3.2   Octave . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  10
4    Relational databases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  11
4.1   Why use a database? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  11
4.2   Overview of RDBMSs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  11
4.2.1 sql queries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  12
4.2.2   Data types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  13
4.3   R interface packages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  13
4.3.1   Packages DBI and RMySQL. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
4.3.2   Package RODBC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  15
4.3.3   Package RPgSQL . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
4.3.4   Package RmSQL . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  18
5    Binary files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  19
5.1   Binary data formats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  19
6    Connections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  20
6.1   Types of connections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  20
6.2   Output to connections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  21
6.3   Input from connections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  21
6.3.1   Pushback . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  22
6.4   Listing and manipulating connections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  22
6.5   Binary connections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  23
6.5.1   Special values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  237    Network interfaces . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  25
7.1   Reading from sockets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  25
7.2   Using download.file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  25
7.3 dcom interface. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
7.4 corba interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25