北京大学区域经济学科点长期致力于推动中国区域经济学发展。1991年发起和创立中国区域科学协会,以推动区域科学国内外的学术交流与合作。1993年,成立北京大学区域科学中心(2000年易名为北京大学中国区域经济研究中心),以发挥北京大学多学科的综合优势促进区域经济学学科发展。1999年与北京市人民政府联合成立首都发展研究院。1998年在国务院学位委员会专业目录调整精神,经济地理专业硕士点调整为区域经济学专业硕士点,并同时设立了区域经济学专业博士点。1999年设立博士后流动站。
北京大学区域经济学学科点原隶属于北京大学城市与环境学系,现隶属于北京大学政府管理学院。