长期以来，我国事业单位工作人员管理一直沿用党政机关的管理模式。为了适应建立和完善社会主义市场经济体制的要求，党中央、国务院高度重视我国的事业单位人事制度改革。30多年来，我国事业单位人事制度改革经历了初步探索、逐步深入、制度创新几个发展阶段，经历了由单项到综合、由点到面的逐步深化过程。

第一阶段，初步探索阶段（从1978年到1987年）。这一阶段主要是改革过分集中的干部人事管理体制，下放干部管理权限，顺应教育、科技体制改革的要求，恢复职称评审、扩大事业单位人事管理自主权，对聘用制进行初步探索。
第二阶段，深入发展阶段（从1988年到1992年）。这个阶段改革的主要内容是下放权力，扩大事业单位人事管理自主权，逐步扩大聘用制实施范围。实行聘用制的不单纯局限于新补充干部，而是扩大到事业单位的各类人员。事业单位行政领导人员、专业技术人员、管理人员等都试行了各种形式的聘用制度，一些改革力度比较大的地区，还对事业单位的全体人员进行了聘用合同制的试点。
第三阶段，建立适应社会主义市场经济的人事管理体制阶段（从1993年到1998年）。党的十四大明确提出，要按照机关、企业和事业单位的特点，建立分类管理的人事制度。1995年原国家人事部和中编办召开了建国以来的第一次事业单位人事制度改革会议--郑州会议，启动事业单位人事制度改革试点工作。在总结前一阶段事业单位聘用制经验的基础上，把聘用制作为事业单位的一项基本用人制度，制定出台事业单位聘用制管理办法。到1998年底，全国已有上海、江苏、安徽、文化部、北京市科委系统和文化系统、中科院等十几个地方和部门出台聘用制管理规定，大部分地区的事业单位都不同程度实行聘用制度。
第四阶段，建立符合事业单位特点的人事管理制度的深入改革阶段（从1999年至今）。这个阶段国家全面研究在机关、事业单位、企业建立分类管理的人事制度问题，全面推进事业单位人事制度改革。

1999年，原国家人事部在天津召开事业单位人事制度改革会议，初步确定了改革的目标任务。
2000年《深化干部人事制度改革纲要》出台，提出了以推行聘用制度和岗位管理制度为重点，逐步建立适应不同类型事业单位特点的人事管理制度，明确了事业单位人事制度改革的方向。随后，中组部、人事部下发《关于加快推进事业单位人事制度改革的意见》，对改革进行了具体部署。
2002年7月，国务院办公厅转发《关于在事业单位试行人员聘用制度的意见》，明确了聘用制度的相关政策规定，对聘用制推行工作提出了具体要求，为事业单位试行聘用制度提供了政策依据。针对各地各部门在试行聘用制度改革中的实际问题，制定了试行聘用制度的政策解释和与之相配套的工资待遇处理意见。
2003年，中共中央、国务院《关于进一步加强人才工作的决定》明确要求，以推行聘用制度和岗位管理制度为重点，深化事业单位人事制度改革，研究制定事业单位人事管理条例。进入"十一五"以来，改革的目标和路径更加明确：党的十七大报告和十七届二中全会通过的《关于深化行政管理体制改革的决定》都明确提出，要分类推进事业单位人事制度改革。十七届四中全会通过的《中共中央关于加强和改进新形势下党的建设若干重大问题的决定》也明确要求，推进事业单位人事制度改革，制定符合事业单位特点的人事管理办法。
2004年3月，原国家人事部选择确定了地域上各具代表性、行业上具有典型性、改革内容上各具特点的15个试点联系点。
2006年10月，原国家人事部出台了《事业单位岗位设置管理试行办法》。
2008年3月，国务院印发《事业单位工作人员养老保险制度改革试点方案》，并在5个省市开展事业单位工作人员养老保险制度改革试点，事业单位人事制度改革进入攻坚阶段。
2009年，在全国组织部长会议上，李源潮同志提出，要建立健全以即将出台的《事业单位人事管理暂行条例》为核心的事业单位人事管理制度。同年，中办印发了《2010-2020年深化干部人事制度改革规划纲要》，对深化事业单位人事制度改革作了明确部署。截至2009年底，全国事业单位签订聘用合同人员的比例达到80%，聘用制度已经基本建立；岗位设置管理实施工作稳步推进，各地各部门已普遍开展岗位设置管理工作;公开招聘制度进一步落实，22个省区市事业单位公开招聘人员占新进人员总数的80%以上。
2010年，中央下发了《国家中长期人才发展规划纲要（2010-2020年）》，在体制机制创新方面，对事业单位人事制度改革工作提出了明确要求。十七届五中全会通过了《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十二个五年规划的建议》，提出要积极稳妥推进科技、教育、文化、卫生、体育等事业单位分类改革。党中央、国务院这一系列重要决策和部署，为作为干部人事制度改革重要组成部分的事业单位人事制度改革指明了方向、提出了要求、提供了动力。

通过改革，逐步改变了按照管理党政机关工作人员的办法管理事业单位人员的做法，初步转换了事业单位用人机制，淡化了身份，强化了岗位，优化了结构，增强了活力，调动了事业单位各类人才的积极性、创造性，促进了社会事业的健康发展。

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