排名前十的城市依次为:北京、上海、合肥、香港、南京、武汉、厦门、杭州、深圳、西安。2011年,这十座城市在《自然》系列刊物上发表论文的总量约占全国的86%,并且拥有中国排名前20的研究机构中的19所。自然出版指数2011中国利用ISI Web of Knowledge数据库的数据进行分析,发现世界上最有影响力的科研论文(引用率最高的前1%论文)中,有超过10%的论文是中国发表的。该比例由2001年的1.85%(6874篇中的127篇)上升到了2011年的11.3%(10238篇中的1158篇),目前排名世界第四。到2014年,中国将会超越目前排名第二、三位的德国与英国。而对于引领全球科技的美国而言,该比例由2001年的64.3%(6874篇中的4420篇)滑落到了2011年的50.7%(10238篇中的5190篇)。