R读取字符数据 - 经管之家

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收藏 2012-07-23

请问各位大侠，我在e盘存有一个txt文件的数据，全是字符没有空格，如：CACCATCTCTGGGCAGTAGGCCTGGGCTGT
不知道怎么才能一个一个读到R中，比如这个数据字符数有30，读入以后长度也是30。我用scan("e:/gene.txt")试了，但是scan不能读字符。各位谢谢了！

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qoiqpwqr

2012-7-23 12:06:07

用read.table

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mengqinqing

2012-7-23 14:52:29

qoiqpwqr 发表于 2012-7-23 12:06
用read.table

谢谢！
但是
x=read.table("e:/gene.txt")
length(x)=1
我希望length(x)=30
请问该如何处理？

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qoiqpwqr

2012-7-23 20:13:49

mengqinqing 发表于 2012-7-23 14:52
谢谢！
但是
x=read.table("e:/gene.txt")

strsplit(x, split = "")

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mengqinqing

2012-7-24 01:04:29

qoiqpwqr 发表于 2012-7-23 20:13
strsplit(x, split = "")

谢谢！
还是不行，我用
strsplit("",split="")可以把字符拆成一个一个的，但是长度仍为1
且
x=read.table("e:/gene.txt")
strsplit(x,split="")
会出现错误：错误于strsplit(x, split = "") : 非字符参数
这是个基因数据，最后还想把各个字符变成数字再分析。不知道还有没哟其他办法？

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qoiqpwqr

2012-7-24 12:22:25

mengqinqing 发表于 2012-7-24 01:04
谢谢！
还是不行，我用
strsplit("",split="")可以把字符拆成一个一个的，但是长度仍为1

x=read.table("e:/gene.txt")
x <- as.character(x[1, 1])
strsplit(x,split="")

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trier2006

2012-7-24 18:24:06

帮顶

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mengqinqing

2012-7-24 22:29:19

qoiqpwqr 发表于 2012-7-24 12:22
x=read.table("e:/gene.txt")
x

谢谢，不过还是不是我想要的结果，我再看看

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qoiqpwqr

2012-7-24 22:34:34

mengqinqing 发表于 2012-7-24 22:29
谢谢，不过还是不是我想要的结果，我再看看

你想要的是什么样的结果？

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ltx5151

2012-7-25 11:08:49

qoiqpwqr 发表于 2012-7-24 22:34
你想要的是什么样的结果？

呵呵，这个回复我最同意。没看懂LZ想要啥。不介意的话，可以把部分数据发上来。

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mengqinqing

2012-7-26 21:25:13

qoiqpwqr 发表于 2012-7-24 22:34
你想要的是什么样的结果？

我在基因数据库里下载了一串DNA序列，截取当中的一段，比如长度30：CACCATCTCTGGGCAGTAGGCCTGGGCTGT
存在e:/gene.txt中
我想用R读取这个数据，命名为x
希望x是一个向量，也就是说x[1]=C x[2]=A .... 读取出来的x的length(x)=30
只有这样我才能对它进行后续分析

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mengqinqing

2012-7-26 21:25:57

ltx5151 发表于 2012-7-25 11:08
呵呵，这个回复我最同意。没看懂LZ想要啥。不介意的话，可以把部分数据发上来。

不知道你有没有分析过DNA序列？

我在基因数据库里下载了一串DNA序列，截取当中的一段，比如长度30：CACCATCTCTGGGCAGTAGGCCTGGGCTGT
存在e:/gene.txt中
我想用R读取这个数据，命名为x
希望x是一个向量，也就是说x[1]=C x[2]=A .... 读取出来的x的length(x)=30
只有这样我才能对它进行后续分析

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qoiqpwqr

2012-7-26 23:04:48

mengqinqing 发表于 2012-7-26 21:25
我在基因数据库里下载了一串DNA序列，截取当中的一段，比如长度30：CACCATCTCTGGGCAGTAGGCCTGGGCTGT
存在 ...

在gene.txt的最后加一个回车
x <- read.table("gene.txt")
x <- as.character(x[1, 1])
x <- unlist(strsplit(x, split=""))

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mengqinqing

2012-7-27 14:19:41

qoiqpwqr 发表于 2012-7-26 23:04
在gene.txt的最后加一个回车
x

版主，太感谢你了！
由于我的数据很长且中间已有回车，所以把x[1, 1]改成了x[, 1]，这样就可以读取全部数据了，如下：
x <- read.table("gene.txt")
x <- as.character(x[, 1])
x <- unlist(strsplit(x, split=""))

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trier2006

2012-7-27 20:46:30

继续帮顶

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mengqinqing

2012-7-27 23:08:28

trier2006 发表于 2012-7-27 20:46
继续帮顶

谢谢，已经解决了

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lanyajia

2012-7-29 23:23:03

试一下下面是否你需要的结果
a.in=scan('e:/gene.txt',what='character')
a.out=character()
for(i in 1:nchar(a.in)) {a.out[i]=substr(a.in,i,i)}

## a.out 即为输出的单字符向量

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mengqinqing

2012-7-30 17:07:42

lanyajia 发表于 2012-7-29 23:23
试一下下面是否你需要的结果
a.in=scan('e:/gene.txt',what='character')
a.out=character()

谢谢！也是一个好办法！

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