一个完整的物流信息系统应该提供以下的机能：出入库管理，
库存管理
，订货、配货系统
，销售分析、预测
，厂商管理
，人事薪资
，会计财务报表
，EOS，应收应付帐款
，运费计算
，业务管理
，人力调派
，储位管理
，资料处理
，POS，出货排程系统
，拣货排程
，客户管理
，营运分析
等。以下对物流信息系统的几个主要功能模块做了一个列表：