几类重要蛋白质的结构、功能及催化反应机理的理论研究
本文利用分子力学,分子动力学和量子化学方法,研究了四种细胞色素C单体对四类药物的代谢、抑制作用,以及三类酶的催化、抑制反应机理。主要内容包括:1、利用同源模建、分子力学及分子动力学方法,模建并优化得到了合理的CYP2C19三维结构模型。
利用该模型及CYP2C9的晶体结构,对这两种酶在代谢格列奇特(Gliclazide)时的两种不同代谢途径进行了理论研究,并发现了明显的底物抑制现象。2、利用分子对接方法,研究了原人参萜二醇20(S)-Protopanaxadiol (PPD)与人参皂甙Ginsenoside Rh2对CYP2C9和CYP3A4的抑制作用。
3、利用分子对接方法,研究了CYP2C9、CYP2D6与艾瑞昔布(Imrecoxib)的亲和力的差别。4、利用同源模建、分子力学及分子动力学方法,模建并优化得到了合理的人类光感受器中视黄醇脱氢酶(hRDH8)三维结构模型。
通过分子对接,得到了酶-底物复合物,在此基础上,选择了3个量子化学计算模型,对催化反应机理进行了研究。5、在B3LYP/6-311G(d, p)水平下对丁酰胆碱酯 ...