基于转录组测序枇杷EST-SSR标记的开发与利用
枇杷(Eriobotrya japonica Lindl.)起源于我国东南部,是中国特色水果,具有极高医疗保健价值,栽培历史悠久,品种繁多,与其他国家相比我国枇杷种质资源更为丰富。但目前对枇杷的遗传研究及基因组信息研究较少,因此我们需要对枇杷进行更深一步的分子基因组研究,为其种质资源分类、遗传多样性分析及分子标记辅助选育等研究奠定基础。
本试验通过对洞庭枇杷的转录组进行大规模测序,利用获得的转录组序列进行EST-SSR分子标记的开发,将开发的标记进行枇杷及其近缘物种间的通用性分析和遗传多样性分析,并对洞庭野生型和突变型枇杷进行特异EST-SSR片段克隆进而对其差异基因进行探讨,主要研究结果如下：1.我们总共获得61587个Unigene,对其进行微卫星搜索,得到6693个Unigene包含7649个SSR位点。在对SSR位点进行重复类型统计发现,在二核苷酸到六核苷酸之间,重复类型最多的是二核苷酸其数量总计4593,占所有重复类型的60.05%;最少的重复类型是五核苷酸,占总数的2.08%。
在对重复类型最多的序列进行统计发现,重复序列中 ...