我没有深究过这个问题，因为我经历的多数情况都是第二份数据中包含的变量不同于第一份数据中的变量，所以基本上不涉及你提及的问题。
根据你的描述，第二份文件中的Label会覆盖到第一份中同名变量的label。如果确认是这样，那么只需调换一下 merge 的先后顺序即可，即先调入第二份数据再合并第一份。

我查了一下 merge 命令的帮助文件，对于数字文字对应表，可以通过 nolabel 选项来控制是否覆盖。
nolabel             do not copy value-label definitions from using

谢谢。