楼主，我说说我的想法，你看看，多批评。
我觉得联立方程模型中所有的内生变量都是实时变化的。比如，凯恩斯宏观经济模型，在这个系统里消费和收入都是实时变化，也就是说消费一变收入马上会受影响，并没有一个需要时间的消化过程。就好像一颗石子投入平静的水面，在石子如水的那一瞬间，水平的平面这个系统就不存在了，而是变成了有波纹的水面。
所以我在想，你的这两个二分变量是什么，会有时时刻刻都在同步变化的二分变量吗？
如果不是的话，只要你这两个二分变量有前后之分就不能用联立的模型来做了。
不知道说得对不对，欢迎批评指正，共同学习。

似乎是先估计第一个方程，得到的预测值代入第二个方程。为了解决内生性问题，第一个方程中必须包含工具变量

http://www.stata.com/statalist/archive/2008-04/msg01118.html

问楼主解决这个问题了吗？遇到同样问题，请不吝赐教。

如果只第二个方程是二元变量的话，可以解决。两个方程都是二元，我也没有把握。