全部版块 我的主页
论坛 数据科学与人工智能 数据分析与数据科学 R语言论坛
9367 2
2013-01-22
我的输入是1个或多个bam文件 和一系列的要算Read depth的区域 如下

1:14467-14587
1:14639-14883
1:14943-15064
1:15671-15990
1:16591-16719
Y:2595298-2595418
Y:2601341-2601461
Y:2606003-2606363
……………………


请问如何算这些区域的RD那?注意是read depth而不是read count,exomeCOPY和exomeDepth两个R包算的似乎都是ReadCount。谢谢
二维码

扫码加我 拉你入群

请注明:姓名-公司-职位

以便审核进群资格,未注明则拒绝

全部回复
2013-1-22 22:48:06
我在分析xiaoRNA的数据,但是Read depth是什么?为什么要算?
二维码

扫码加我 拉你入群

请注明:姓名-公司-职位

以便审核进群资格,未注明则拒绝

2013-1-23 00:06:29
mswsg 发表于 2013-1-22 22:48
我在分析xiaoRNA的数据,但是Read depth是什么?为什么要算?
Read depth是 短读mapping后的密度,是二代测序的重要信号。RNA-seq也得算密度吧?

More information in detail:

MEAN (MAPPED) READ DEPTH(Given by illumina)
The mean mapped read depth (or mean read depth) is the sum of the mapped read depths at each reference base position, divided by the number of known bases in the reference. The mean read depth metric indicates how many reads, on average, are likely to be aligned at a given reference base position.
http://www.illumina.com/truseq/q ... e_distribution.ilmn

二维码

扫码加我 拉你入群

请注明:姓名-公司-职位

以便审核进群资格,未注明则拒绝

相关推荐
栏目导航
热门文章
推荐文章

说点什么

分享

扫码加好友,拉您进群
各岗位、行业、专业交流群