农药化肥的大量使用也带来了严重的水污染问题，是导致各大湖泊水体富营养化的最重要因素，污染程度要大于工业和生活。根据第一次全国污染源普查公告数据，2007年农业源共排放了总氮27,046万吨，总磷28万吨，COD1,324万吨，分别占全国水污染排放总量的57%、68%和36%，远高于工业和生活源。农药化肥也是造成湖泊水富营养化的最主要因素，湖泊水中64%的总氮、78%的总磷和60%的COD均来自于农业。
    对于农业污染带来的水体富营养化的治理已有多年，投入成本庞大，但收效并不理想。而农业污染源为面源污染，源头控制更是非常困难，农业污染源的防控工作也一直没能提上日程。随着技术的不断提高，农业污染源这样的面源污染，将成为“十二五”之后的重点，这一块难度很大，但势在必行。农业节水加化肥农药施用规范化管理将成为农业污染治理的重点。
    图1、农药化肥带来了严重的水体污染

    表1、2007年工业、农业和生活源的污染物排放情况



农药化肥成为我国最大的水污染源：http://www.tianinfo.com/news/news5156.html