在人大经济论坛搜索了pajek，发现大家存在的几个疑问。在这里一一免费解答：（同时附上Peixun.net培训网即将上线的《Pajek可视化操作与复杂网络分析》视频课程的大纲）

analysis networks with pajek(free).pdf
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First Steps Network Visualization with pajek.PDF
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本附件包括：

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pajek中文教程.pdf
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Pajek操作手册.pdf
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（一）免费下载pajek软件、pajek使用手册、pajek格式的复杂网络数据集、pajek分析复杂网络的论文等相关学习资料的网站
（1）http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/
（2）http://pajek.imfm.si/doku.php?id=start&do=show
网站上提供了Pajek软件不断更新的版本（最新的为pajek3.12），同时有许多pajek格式的复杂网络数据集，以及pajek使用手册和利用pajek分析复杂网络的论文（英文资料）。相关资料包括已有帖子中提到的《Exploratory Social Network Analysis with Pajek》（英文）PDF，Pajek使用手册（英文）PDF等等。


（二）关于pajek格式的数据结构的生成和转换
这里大家关注的是网络文件数据（.net），有以下三种方式可以得到pajek格式的.net文件：
1. 手工输入
对于小规模的网络（节点数不超过100），可以根据Pajek网络文件.net的数据结构来创建：新建一个文本文档，第一行输入*Vertices n  其中n为所创建网络的节点总数；在接下来的各行中输入节点及对应的标签（这里也可以什么不输入，直接进入到*Edges或*Arcs的输入，此时pajek默认节点标签为V1,V2,....Vn），要注意的是每行只能输入一个节点及其标签，下一个节点另起一行。再接下来在新的一行输入*Edges（无向图使用*Edges，有向图则使用*Arcs），另起一行输入节点之间的连边关系。一切完成后保存，此时要对文本文件修改后缀名，直接改成.net保存即可。
  附上一个例子：sample.net
*Vertices 4
1 "a"
2 "b"
3 "c"
4 "d"
*Arcs
1 2 1
3 4 3
2. 使用现有程序把excel或txt数据转换成.net文件
Pajek的官网上提供了两个程序：
（1）Excell2Pajek
（2）TXT2Pajek （推荐）
3. 使用Matlab、R等编写代码把EXCEL或者TXT数据转换成.net数据结构。


（三）Pajek绘制网络图
使用Pajek绘制网络图：在主菜单下点击Draw，再选择不同的菜单绘制你想要的图形。（前提是当前工作窗口已经有相应的网络数据文件）
Draw－绘制网络图
Draw-Partition（绘制分类图形）
Draw-Vector－节点的大小决定于所选的向量
Draw-2Vectors－结点的大小决定于所选的两个向量（一为宽，二为高）
Draw-Partion-Vector－结点的大小由所选的向量决定，图形分类由Partion决定。

继续使用上述网络的例子sample.net来绘制一个分类图形（我们把4个节点分成2类，该分类文件为sample_p2.clu）
附：sample_p2.clu分类文件
*Vertices 4
1
1
2
2
绘制步骤：
第一步：读取sample.net网络文件和sample_p2.clu分类文件。
第二步：点击主菜单下的Draw选择Draw-Partition（绘制分类图形），这样就弹出绘图窗口，同时出现了一个由两种颜色显示的图形。
第三步：绘图参数选择，包括节点大小、颜色，边的粗细、颜色，是否显示标签，布局方式。这里介绍在绘图窗口选择一种更为合适的布局方式，点击layout-Energy-Kamada-Kawa-free。
第四步：输出该网络图（Export菜单），pajek提供了4种保存输出图形的格式：
（1）EPS格式
   LATEX编辑PDF文档时直接可以调用插入的图片格式；
（2） SVG格式
   可扩展的向量图，可以在网页中打开和进一步编辑；
（3） JPE格式
（4） BMP格式

（四）Pajek与R的交互使用
把Pajek中的网络文件导入到R：直接使用pajek的Tools工具菜单Send to R，即可把PAJEK网络数据调入到R软件界面，使用R分析网络。常用的R分析复杂网络的packages包有igraph和sna。
把R分析的网络数据导出为Pajek格式的.net文件：可以使用igraph包中的函数write.graph(g, 'F:/networksample.net', format='pajek')。


对复杂网络有兴趣，特别是想使用Pajek分析复杂网络的同学可以去Peixun.net培训网学习即将上线的《Pajek可视化操作与复杂网络分析》网络视频课程（本月内上线）。

（五）《Pajek可视化操作与复杂网络分析》视频课程的大纲：

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第一部分 Pajek软件操作 第一章 Pajek软件介绍
01. Pajek软件初步介绍第二章 Pajek数据结构02. Pajek数据结构第三章 Pajek工作界面详解03. File菜单操作04. Net菜单操作（1）05. Net菜单操作（2）06. operation、Partition和Hierarchy菜单操作07. Options、Info和Tools菜单操作08. 绘图窗口（1）09. 绘图窗口（2）10. 绘图窗口（3）11. 绘图窗口（4）第二部分 应用Pajek分析复杂网络第四章 复杂网络基本知识12. 图论与复杂网络基础第五章 Pajek可视化应用13. 数据导入与数据转换14. 生成复杂网络（1）15. 生成复杂网络（2）16. 转换复杂网络第六章 Pajek分析复杂网络的统计性质17. 分析复杂网络的统计性质（1）18. 分析复杂网络的统计性质（2）19. 分析复杂网络的统计性质（3）第七章 Pajek分析复杂网络结构20. 分析复杂网络结构（1）21. 分析复杂网络结构（2）