稳妥办法，让供应商开票冲红，然后重开发票。
作为供应商的一方，应该开具100%金额的发票，A没给的5%货款是欠款，100%才是含税销售价。供应商这么做对他本身来说就不对，他肯定是很难受的（因为事实不是95%，而是100%）。如果供应商非说95%是没错的，那A公司凭什么还要给那5%？
因为我本身对税法这块研究不深，不知道开红票对税管所、稽查大队有没有影响，我下面再说一个不成熟的想法。
让对方随便卖一个不值钱的东西，含税售价是5%的质量保证金。这样从账面上来讲差不多平了（存货或者周转材料那块有问题）。
最后，我个人为：最好不要再专票上面动什么心思，实事求是，开错票也不是什么新鲜事情。押送专票都要配专人护送，可想而知专票的重要性有多大。千万不要因为一点小事，最后弄成了裤裆里的黄泥，不是屎也是屎。
不采纳也求点赞，我至少认为比楼上说的靠谱点。