我最近也做了类似的比较。一般来讲，统计上的是用产量除以当年播种面积和上年播种面积的平均数。《中国农村统计年鉴》做了部分农作物单产的统计，也有各省区的单产，具有比较意义。但畜牧业、渔业的单产我觉得没有比较的意义。
《全国农产品成本收益资料汇编》有各种农产品亩均的产量、产值、成本、收益等资料，主要以大宗农产品为主，其亩产数值较大，偏离一般实际，可以借鉴。