>尊敬的各位老师、师兄师姐，你们好！
>我是一个在读硕士，现在在学习R软件中遇到了一些问题，求各位帮忙解答，跪谢~~~
>不知道各位有没有用过Phylocom群落谱系结构分析软件？
用过Phylocom软件

>这个软件的使用中，有一个叫做phylo格式的文件，米湘成老师说要用R软件中picante包中的函数writesample来转化，可是我怎么搞也搞不出来，求各位大神指点。

phylo格式的文件， 其实就是进化树文件， 可以用phylomatic 软件生成， 也可以用PAUP*, MrBayes, BEAST, PHYML, RAxML等软件获得。 phylo实际上是一个文本文件， 其中是 newick格式的进化树。

>另外，用R软件怎么将样地分割成不同的大小（比如，400*400m的样地怎么分割成20*20或5*5的小样方？），并在这些小样方中对每个物种进行1000次的随机抽取？

这个问题我之前也遇到过， 我用的是 phylotools程序包里面的 plotscale 函数， 这个函数可以为每个个体加一个划分之后的样方名， 如 X01Y12
表示X轴上，第一个格子， Y轴上第12个格子， 以此类推。

>下面是一个老师发给我的代码，有谁能够给我解答一二？谢谢~~~

下面的代码就先不看了。 不知道具体问题是什么。

谢谢老师，我试着做一下。

你好，我想问一下，phylo文件，是不是指用Phylocom软件生成的呢个东西，用文本文件保存，命名为phylo，还是呢是一种格式？

生成的txt文件保存为phylo.txt
mytree<- read.tree(file.choose("phylo.txt"))#R中选择该文件
plot(mytree, cex=0.7)#看树
phylo<-as.phylo(mytree)#改变格式
write.tree(phy=phylo,file="phylo")#R工作路径下已经保存为phylo格式