下面一段是R中hclust函数的部分代码，标出颜色的地方就是您运行程序出错的地方。在hclust函数中hclust(d, method = "complete", members=NULL)
，参数d指明要求a dissimilarity structure as produced by dist.

我想你的距离矩阵并不是dist()生成的吧？

我想到的就这些，希望对你有帮助。关于为什么d必须用dist构成的距离结构 我不知道，希望有人能解答一下

METHODS <- c("ward", "single", "complete", "average", "mcquitty",
        "median", "centroid")
    method <- pmatch(method, METHODS)
    if (is.na(method))
        stop("invalid clustering method")
    if (method == -1)
        stop("ambiguous clustering method")
    n <- as.integer(attr(d, "Size"))
    if (is.null(n))
        stop("invalid dissimilarities")
    if (n < 2)
        stop("must have n >= 2 objects to cluster")

[此贴子已经被作者于2008-6-23 18:36:25编辑过]

我也注意到了：参数d指明要求a dissimilarity structure as produced by dist.

但我总觉得dist本身就是一个距离矩阵， 而且是一个对称方阵，只是默认打印出来的结果是三角矩阵，并且也把对角线上的0元素给扔了，我想是节约内存的需要把,因此我认为它跟我从文件中读出来的数据结构应该是一样的，

我用过另外一个函数cmdscale ，里面参数d要求：a distance structure such as that returned by dist or a full symmetric matrix containing the dissimilarities.

跟这里确实有一点区别，对于cmdscale函数，我用dist返回的结果跟从文件中读出来的对称方阵都能够搞定顺利搞定

自己感觉是面向对象中一个问题，  有些糊涂，希望站内高手帮解答解答

[此贴子已经被作者于2008-6-24 9:46:23编辑过]