我觉得你提这个问题主要涉及的是论文选题的问题，就是怎么样才能够选择一个有意义的研究课题。
当然就如你说的，如果你发现某些事实情况与理论不一致，然后可以查找文献了解目前的研究情况有无解释，如果从目前的研究文献中都没有找到合理的解释，那你就可以以此为切入点展开研究
而在研究的过程中，同样可以看以往的研究方法都是什么样的，有没有更新、更合理的研究方法，如果你有更合理的研究方法，那也可以作为研究的一个创新点。
比如举个简单的例子，现在大多心理研究证明“男女搭配效率更高”，但是如果你发现在某些职场、职位情况下可能男女搭配会相反的影响效率，那你就可以进行一定的研究来验证。

目前大多研究创新一般都是基于以往的理论和研究基础上寻求点的创新。如果你想要突破性的原创研究，那必须是你要对相关的理论非常扎实，无论是你想要研究出新的理论发展方向，还是全新的研究方法等，这些突破都必须基于以往理论的扎实，而这样的研究与论文也是最能影响未来学科发展的。。。

所有说创新可能仅仅是点的创新，也可能是全面突破性的创新

谢谢你的回答，给了我帮助，加上这两天重新梳理了一下思路又想明白了一些。