南航身为国内机队规模最大，航线网络最广的航空公司，被外界认为在战略转型上并不成功，却屡屡落入反腐风暴的漩涡中心。在长达8年的时间，南航的反腐过程历经了3个阶段。

　　2006年，南航原财务部经理陈利明利用职务之便，利用银行信用贷款进行委托理财，收取5366.985万贿款，并挪用高达12亿公款，被判死缓。因“委托理财”所扯出的贪腐大案，牵出了时任集团总经理、副总经理一干人等，贪腐金额高达5000多万，涉及金额数十亿元。

　　2011年，南航总工程师张和平等九名高管被抓并判重刑，检察机关指控张和平收受贿赂719.1万元。

　　2013年11月，南航再次陷入集体贪腐案。包括市场营销委副主任余思友在内的多名南航员工因事涉重大贪腐案件，在一周内陆续被公安部门带走，营销委常务副主任秦国辉也接受了警方调查。