使用ggolot2设置透明度即可(alpha=I(1/7) 这个值越小越透明)
比如：
library(ggplot2)
x=rep(seq(0,10,0.1),100)
y1=x*2+1
y2=x*4+2
y1=y1+rnorm(length(y1),10,5)
y2=y2+rnorm(length(y2),10,5)
d=data.frame(x,y1,y2)
p<-ggplot(d)+geom_point(aes(x,y1,colour="1"),alpha=I(1/7))
p+geom_point(aes(x,y2,colour="2"),alpha=I(1/7))

一般对于数据量比较大的散点图，我们采用的策略基本上是两个。一个是如楼上所说的采用散点图的透明度，第二个就是将实心圆换成空心圆，这样子可以最大程度的降低点与点之间的干扰。

那我在点上加图签，他们会重叠吗？

设置透明度并不能避免标签重叠

解决标签重叠，用ggrepel包，geom_text_repel()基于geom_text()，用geom_text_repel()可以解决数据点的标签重叠。