这个函数只传入了两个参数x,y
那么layer <- raster(n4)中的参数n4没有定义，故layer的定义就无效

setwd("E:/Landsat-data-NASA atm-corrected/sample_day1")
restdir2 <- ("E:/Landsat-data-NASA atm-corrected/sample_day1")
  n3 <- list.files(restdir2, pattern="*band4_clip_1.tif", full.names=TRUE)
  n4 <- list.files(restdir2, pattern="*cloud_qa_clip_1.tif", full.names=TRUE)

你首先要测试的是下面这段有没有问题，然后在封装成函数
x=10;y=10;
layer <- raster(n4)
layer2 <- raster(n3)
   for(c in 1:x)
  {
    for(r in 1:y)
   {
      if(layer[c,r]==0)
     {
       nl<- layer2
       nl[c,r]<-NA
       writeRaster(nl, "cloud.tif")
     }
     else
     { layer[c,r]=layer2[c,r]}
   }
  }
你给出的报错原因一般是因为layer[c,r]为NA
例如
> a=NA;if(a==0){}
Error in if (a == 0) { : missing value where TRUE/FALSE needed

·你好 我现在是想处理两张地图
这两张地图属于同一区域 坐标都一样
不同的是 第一张地图显示云彩 第二张没有
在第一张地图 pixel值为0的grid代表有云彩
现在我要做的是写一个function来找到第一章图内pixel值为0的grid的坐标（行数，列数）
然后在第二张图内相同坐标的grid值改为NA
所以我想写一个if loop来检测
但是我发现if loop一旦测到不为0的值就会报错
请问有其他办法不用if while loop来查找值为0的grid坐标的方法吗
谢谢

我不是很清楚你要做的全部内容，但我能给你写一个示例：查找所有等于0的数据的坐标，如下

> x <- data.frame(x1=c(0,NA,1,2,3,4,0,5),x2=c(0,NA,NA,2,0,4,0,5))
> x
  x1 x2
1  0  0
2 NA NA
3  1 NA
4  2  2
5  3  0
6  4  4
7  0  0
8  5  5
> # 将x按列转换为向量，找到所有值为0的序号
> list <- which(x==0)
> list
[1]  1  7  9 13 15
> # 所有值为0的序号转换为横纵坐标
> axes <- as.matrix(data.frame(x = list %% dim(x)[1], y = list %/% dim(x)[1] + 1))
> axes
     x y
[1,] 1 1
[2,] 7 1
[3,] 1 2
[4,] 5 2
[5,] 7 2
> #检验这些坐标代表的数据值是否为0
> x[axes]
[1] 0 0 0 0 0