data test1;
     set have(rename=(x=x_ id=id_));
     do i=1 to nobs;
           set have point=i nobs=nobs;
          if id_ ne id then do;
                if x = x_ then do;
                     newid=cats(put(min(id_,id),best.),',',put(max(id_,id),best.));
                     flg=1;
                     output;
                end;
                else if x ne x_ then do;
                     newid=cats(put(min(id_,id),best.),',',put(max(id_,id),best.));
                     flg=2;
                output;
                end;
           end;
     end;
run;
proc sort data=test1 out=test2(keep=newid x_  flg);
     by newid x_  flg;
run;
data test3;
     set test2;
     by newid x_  flg;
     if first.x_;
run;
proc sql;
     create table want as
           select  tranwrd(newid,',',ifc(flg=1,'and','not',' ')) as id, x_ as x, case
                                when flg=1 then cats(put(sum(flg=1),best.),'/',put(count(newid),best.))
                                when flg=2 then cats(put(sum(flg=2),best.),'/',put(count(newid),best.))
                                end as over
           from test3
           group by newid
                order by newid, x_;
quit;

有点不明白楼主的意思。
“先要对ID做一个组合1 ~ 4做出6种组合” ： 这个条件就是说(1,2),(1,3),(1,4),(2,3),(2,4),(3,4)也就是自己和自己不能组合。
“来看id1和id2组合，根据x横向合并之后有数据集有4个观测，而合并之前两个数据集有7个观测。这就是生成的两个变量” 这句话是什么意思？实在搞不清楚楼主的需求。

关于id1和id2形成的数据集   可以是这样

id        x        over
1and2        1        0.75
1and2        2        0.75
1and2        3        0.75
2not1        4        0.75

关于id1和id2形成的数据集   可以是这样

id        x        over
1and2        1        0.75
1and2        2        0.75
1and2        3        0.75
2not1        4        0.75

真不好意思，我的理解力太差劲了……，即使楼主写了补充说明，我还是没看懂……