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2008-10-15

我是生物专业的学生,正在学习一个生物软件,这个生物软件说明书的最后一步是要用R软件做图。我不懂统计软件,在论坛里看了很多R的介绍还是不明白怎么使用。所以非常希望得到各位的帮助。
软件说明书给出的用R软件做图的步骤是这样的:
Example R script for plotting this is

m2 <- read.table("data_fst_outfile")
m3 <- read.table("pvout.txt")
m4 <- read.table("cout.txt")
lo <- m3[,5] < 0.005
hi <- m3[,5] > 0.995
plot(m3[,1],m3[,2],ylim=c(-0.05,1),xlim=c(0,0.6),xlab="heterozygosity",ylab= expression(F[ST]))
lines(m4[,1],m4[,3])
lines(m4[,1],m4[,4])
lines(m4[,1],m4[,5])
points(m3[,1][hi],m3[,2][hi],col="red",pch=16)
points(m3[,1][lo],m3[,2][lo],col="blue",pch=16)
text(m3[,1][hi],m3[,2][hi],as.character(m2[,4][hi]+1),pos=4,cex=0.6)
text(m3[,1][lo],m3[,2][lo],as.character(m2[,4][lo]+1),pos=4,cex=0.6)

我已经通过生物软件得到了以下数据:data_fst_outfile,pvout.txt,cout.txt,我把这三个文件放在了R安装程序的文件夹下。
然后打开R,出现光标“>”后我按着说明书的步骤输入了 m2 <- read.table("data_fst_outfile"),窗口出现以下提示:
错误于file(file, "r") : 无法打开链结
此外 : Warining message :
In file(file,"r")
   无法打开文件‘data_fst_outfile”:No such file or directory
想请教一下,出现错误的原因是什么?我该怎么样做才能正常运行程序?

麻烦大家指导一下,感激不尽!!!

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2008-10-16 11:56:00
No such file or directory.............
没找到文件:你的.txt文件应该放在R的工作空间中才可直接调用,否则要加绝对路径的:)
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2008-10-16 13:20:00
有可能是工作目录没修改!工作目录要指向包含你要读的数据的文件,才能引用这个数据的!工作目录可以在R菜单【文件】修改!
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2008-10-16 20:21:00
你尝试将整个程序黏到运行框内运行
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2008-10-17 16:02:00

應該是路徑不對

從R的file更改目錄

按file---在print上面有個變更目錄

指定到你放檔案的地方 執行範例程式應該就ok了

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