《R语言实战》这本书有教缺失值处理，在高级方法部分，其中多重插补法可以填补缺失值，具体操作你看书就懂了

我有看书，但是我的数据有个很麻烦的问题在于，不是每一行碱基个数都相等，而且数据很多，看了例子后发现不是很适合我这个例子。

我补充一下我的数据类型：
I           id            1001  1001  1002  1002  1003 1003 ... 1198 1198
M          m01223        A         A      A        A       A        A  ...    A     A
M          m01224        T         T      NA      NA     G        G  ...    G     G
M          m01225        AT       AT    CG       CG    NA       NA ...    T    T
M          m01225       ATCC  ATCC   CGTT   CGTT  AGCC  AGCC ... GTTA GTTA
....
数据很多，而且每一行数据个数也可能不一样，所以进行矩阵转换的时候估计受影响了，所以没办法好好处理，R可以处理这种情况的数据吗？

那你去Bioconductor看看吧，应该有人解决过这样的问题。