在下是R新手最近处理基因文件的时候要求将缺失值NA保留，其他碱基值置换为0或1，怎么处理啊？
文件格式大约就是这样:
C C G G NA NA T T G G NA…..
大约需要些什么函数以及思路如何，希望大神救济一下。
这是从师兄那里模仿来的代码，但是无法好好运行，结果出来只有行列数，为什么？
markers <- read.table(“~/Documents/176GATK.INDELsnpsFiltered0.05M0.25_outfile.txt”,header=TRUE,sep=”\t”,as.is=T,check.names=FALSE,row.names=NULL)

convert.snp <- function(x) {
alleles <- na.omit(unique(x))
y<- rep(NA,length(x))
y[which(x==alleles[1])] <- 0
y[which(x==alleles[2])] <- 1
return(y)}

M <- apply(markers[,-c(1:2)],1,convert.snp)
dim(M)
library(rrBLUP)
N <- M
A <- A.mat(N)
dim(A)
write.table(dim(A),”/Users/huli/Documents/176GATK.INDELsnpsFiltered0.05M0.25_outputfile.txt”,sep=”\t”,quote=F,col.names=TRUE,row.names=TRUE)