你可以先对文件名称进行批量修改，全选文件按F2输入起始序号（起始序号大于文件个数并大于10）回车

> a<-list.files(choose.dir())
> a
[1] "1.txt"   "10.txt"  "100.txt" "101.txt" "11.txt"  "2.txt"   "20.txt"
[8] "200.txt" "3.txt"
> library(gtools)
> mixedsort(a)
[1] "1.txt"   "2.txt"   "3.txt"   "10.txt"  "11.txt"  "20.txt"  "100.txt"
[8] "101.txt" "200.txt"

以后给出可以运行的代码实例更好，更有针对性的解决。类似的问题，
https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2010-July/246059.html