你看下.mat的文件格式对不对，包括节点标签前面的*Vertices，矩阵前面的*Matrix，矩阵中每个cell中值之间的占位符是空格还是Tab，检查者三项应该就基本上解决问题了

我说的.mat文件是用MATLAB生成的矩阵，pajek能直接读取吗？不能的话应该怎么弄呢？谢谢您的回答！

据我所知不能直接读取，请严格按照Pajek对于.mat格式数据的要求调整你的数据格式

1.建立一个.txt文本，在其中输入以下格式的代码。
*Vertices 7
　　 1 "a"
　　 2 "b"
　　 3 "c"
　　 4 "d"
　　 5 "e"
　　 6 "f"
　　 7 "g"
*Matrix
　　 0 2 1 0 0 0 0
0 0 0 1 1 0 0
0 0 0 0 0 1 1
0 0 0 0 0 0 0
3 0 0 0 0 0 0
0 0 0 5 0 0 0
0 0 0 0 0 1 0
2.把.txt后缀改成.net即可用pajek读取。

对，我现在利用MATLAB把那个.mat转化成了txt格式，下一步就需要按照.net的格式要求修改了。可是Windows自带的记事本无法打开MATLAB生成的txt文档，显示的数据都是乱码。您有解决的办法吗？

不好意思，我没有遇到过类似情况，你看看下面这个帖子有没有帮助
http://zhidao.baidu.com/link?url=du4XeHmonB3erhW-Xj56-75EUIEfyuZkvhrRhgd7JWbORN5-IJi7IJCwTCrRuGFzNMNwizBkRn4TQiovCAUK64GieyXWf59UV1pLOgTVvpy