here is my solution.

data a;
     input ID y1 $2. y2 $2. y3 $2.;
     cards;
1 A V E
2 G   X
3 A C R
run;

%macro trans_data;
     proc sql noprint;
           select y into: value1-  from
           (select distinct y1 as y from a where y1 is not null
                union select distinct y2 as y from a where y2 is not null
                union select distinct y3 as y from a where y3 is not null)
           ;
     quit;
     data a_new;
           set a;
           array yvar y1-y3;
           %do i=1 %to &sqlobs.;
                &&value&i=0;
           %end;
           do over yvar;
                select(yvar);
                     %do i=1 %to &sqlobs.;
                           when("&&value&i")  &&value&i=1;
                     %end;
                     otherwise;
                end;
           end;
           drop y1-y3;
     run;
%mend;
%trans_data;

It works, but is not efficient for a big data.
data a;
input ID y1 $2. y2 $2. y3 $2. ;
cards;
1 A V E
2 G   X
3 A C R
run;
data b (keep=ID A V E G X C R);
set a;
array aa{*} A V E G X C R;
array bb{*} y1-y3;
do i=1 to dim(aa);
        aa=0;
        do j=1 to dim(bb);
                if bb[j]=vname(aa) then do;
                        aa=1;
                        leave ;
                end;
        end;
end;
run;