少个, ,你那是提取的行，当然会出错

照你这样改之后报错了。
Error in `[<-`(`*tmp*`, , is.na(data[, i]), value = 5.84125874125874) :
  (subscript) logical subscript too long

for(i in 1:5){
  a=mean(na.omit(data[i,]))
  data[i,is.na(data[i,])]=a
}

你这个就完全错了额。。我要的是把NA替换成为当列的平均值哦

上面是顺着你的思路做的改进，在我的电脑上已经通过。
你原来代码中的问题存在于data[is.na(data[,i])]=a这一句，你可以调试一下，is.na(data[,i])返回的是一个（FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE）之类的向量，被data[is.na(data[,i])]引用后，会自动循环补齐ncol(data)次，变成选定了第i列有空值的那一整行，并进行赋值，于是就出现了你反映的问题，变成data[is.na(data[, i]), i] 就能特指第i列，就能解决了。

这个错误再次反映了——矩阵本质就是向量。如果用向量化的思维去解决这个问题，可以不用循环就能达成：（假设原数据是矩阵，且每列有且只有一个NA值）