我在做扦插实验，双因素3*3，共计9个处理，每个处理下设置3个重复，每个重复设30个插穗，最后调查生根率和生根条数。

问题：由于生根率是一种百分率数据，每个重复得到1个值，则1个处理得到3个值，最终在SPSS中分析的时候，做GLM（一般线性模型）分析时，还需要将重复作为一个随机因子吗？？？
          对于生根条数的数据，由于同一个处理的不同重复间生根率有差异，则生根条数的数据个数也就存在差异，甚至某个处理的某个重复插穗全部不生根，得不到生根条数数据。面对这样的情况，怎么办？

如果不同处理间的重复数不一样可以进行分析吗？   可以默认将生根率为0的重复的生根条数数据设置成3个0以便进行分析吗？     可不可以将各处理下每个重复的生根条数求出均值然后利用均值进行比较（则每个处理得3个数据，生根率为零的重复 其生根条数为0）？

我快要被折磨疯了，自己完全想不清楚了，求比较懂数据处理分析的大侠指导，感激不尽呐！！！！！