初步分析出这是软件源问题，但是这个软件源我是从R官方网站获取的。并且我不是手动输入的，通过复制粘贴过来的。。sources.list里面的那些基本的软件源注释与不注释对此没有什么影响，已经尝试过。
终端窗口：
root@debian:/home/ruyi# vi /etc/apt/sources.list

root@debian:/home/ruyi# apt-get update
错误 http://mirror.bjtu.edu.cn jessie-cran3/ Sources
  404  Not Found [IP: 218.249.29.40 80]
错误 http://mirror.bjtu.edu.cn jessie-cran3/ Packages
  404  Not Found [IP: 218.249.29.40 80]
W: 无法下载 http://mirror.bjtu.edu.cn/bin/linux/debian/jessie-cran3/Sources  404  Not Found [IP: 218.249.29.40 80]
W: 无法下载 http://mirror.bjtu.edu.cn/bin/linux/debian/jessie-cran3/Packages  404  Not Found [IP: 218.249.29.40 80]
E: 部分索引文件下载失败。如果忽略它们，那将转而使用旧的索引文件。
sources.list文件内容：
# deb cdrom:[Debian GNU/Linux 8.0.0 _Jessie_ - Official Multi-architecture amd64/i386 NETINST #1 20150425-17:05]/ jessie main
#deb cdrom:[Debian GNU/Linux 8.0.0 _Jessie_ - Official Multi-architecture amd64/i386 NETINST #1 20150425-17:05]/ jessie main
#deb http://mirrors.163.com/debian/ jessie main
#deb-src http://mirrors.163.com/debian/ jessie main
#deb http://security.debian.org/ jessie/updates main
#deb-src http://security.debian.org/ jessie/updates main

# jessie-updates, previously known as 'volatile'
#deb http://mirrors.163.com/debian/ jessie-updates main
#deb-src http://mirrors.163.com/debian/ jessie-updates main

deb http://mirror.bjtu.edu.cn/bin/linux/debian jessie-cran3/
deb-src http://mirror.bjtu.edu.cn/bin/linux/debian jessie-cran3/