一般情况下，在R中安装程序包，只需要install.packages("****")，因为这些程序包是已经编译好的二进制文件，如CORElearn程序包。对于一些不在cran上的软件包，下载得到的是***.tar.gz，该程序包是R语言写的源代码，需要转化成二进制文件后才能安装，该过程需要借助Rtools工具中的INSTALL命令完成。


0）以mvpart_1.6-2.tar.gz软件包为例详细讲述安装操作过程：
在R中直接下载mvpart软件包时，会遇到以下错误：
> install.packages("mvpart")
Warning in install.packages :
  package ‘mvpart’ is not available (for R version 3.2.3)
原因是：
Package ‘mvpart’ was removed from the CRAN repository.
Formerly available versions can be obtained from the archive.

从archive 处得到的mvpart包是R语言写的源代码，以XX.tar.gz结尾。
mvpart_1.6-2.tar.gz的下载地址：
https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/mvpart/

1）Rtools安装
Rtools下载地址：
http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/windows/Rtools/
选择合适的版本，我的R是3.2.3，选择Rtools33.exe 。      对于Rtools的安装，需要注意的一步是，我们可以编辑系统路径，让R可以使用包含在Rtools中的C ++编译器，如以下步骤，我们需要检查该选项（不用手动编辑系统路径。一旦勾选该选项，系统路径将通过安装进程编辑到Rtools的重要的文件夹中）。

2）检查在R中是否能够使用Rtools
关闭当前的R会话，打开一个新的R会话  
第一种方法：
执行 Sys.getenv("PATH")，检查Rtools是否包含在系统路径中，如果看到D:\\Rtools\\bin 和D:\\Rtools\\gcc-4.6-3\\bin，表明环境变量设置成功。若没有看到，检查是否安装Rtools时没有按照上述说明。第一种解决方法是重新安装，另外一种是手动的编辑系统路径。
> Sys.getenv('PATH')
[1] "D:\\Rtools\\bin;D:\\Rtools\\gcc-4.6.3\\bin;……

第二种方法：
检查g++是否可以从R中调用。例如在R中查看gcc的版本号。
> system('g++ -v')
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=D:\Rtools\GCC-46~1.3\bin\G__~1.EXE
COLLECT_LTO_WRAPPER=d:/rtools/gcc-46~1.3/bin/../libexec/gcc/i686-w64-mingw32/4.6.3/lto-wrapper.exe
……………………
Thread model: win32
gcc version 4.6.3 20111208 (prerelease) (GCC)
> system('where make')
D:\Rtools\bin\make.exe
C:\MinGW32-xy\bin\make.exe
显示版本号，即代表成功设置了环境变量。


3）安装XXX.tar.gz文件
第一种方法：（简单）
R中运行：install.packages("D:/software_win8/R/mvpart_1.6-2.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
注：D:/software_win8/R/mvpart_1.6-2.tar.gz是打算安装的程序包路径。
     #如果安装不成功，看提示内容，缺少的R包可以在R的主界面上进行安装。

第二种方法：（麻烦）
按快捷键win+R，输入cmd进入dos命令界面。
切换到D盘：（#我的R程序安装在D盘。）
C:\Users\liwei> D:
切换到R安装路径：
D：\> cd D:\Program Files\R\R-3.2.3\bin\x64
运行命令：
D:\Program Files\R\R-3.2.3\bin\x64> rcmd INSTALL D:\software_win8\R\mvpart_1.6-2.tar.gz
# 利用D:\Program Files\R\R-3.2.3\bin\x64下的INSTALL命令安装包，
# D:\software_win8\R\mvpart_1.6-2.tar.gz是需要安装软件包的路径。
# 如果安装不成功，看提示内容，缺少的R包可以在R的主界面上进行安装。
# 安装补充的包后，再重新运行rcmd INSTALL ***.tar.gz即可。

4）查看是否安装成功
打开R的界面，输入
> library(mvpart)
>
未报错，表示安装成功。


参考网址：
https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Install-Rtools-for-Windows  
http://stackoverflow.com/questions/29656320/r-mvpart-package-any-option-to-use-in-r-3-1-x



总结：
1）提前下载软件包；
2）安装Rtools软件；
3）R中运行命令：install.packages("D:/software_win8/R/mvpart_1.6-2.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
4）library(mvpart) 检验是否安装成功。