据我所知ggplot2是不支持画出这种坐标轴“交叉”的（我理解你指的交叉是让x轴的数字标签显示在图中对应y轴100左右的地方，而不是显示在对应y轴0的下方）。ggplot2的作者Hadley Wickham认为Excel允许这种形式的图表是“不专业”的表现，因为当x轴出现在绘图区内的时候就会出现数字标签被图表元素覆盖的情况，造成无法让人清楚读图的情况（在你的例子里，就是2000这个数字被一些圆圈给包围和覆盖了，如果你在x=1000处也想放置标签的话就会被覆盖地更厉害），因此Hadley选择不在他自己的包内支持这种做图。
很大程度上我是支持Hadley的这个看法的，我相信大多数人在学R之前都已经在Excel的世界里浸淫了很长时间，因而对一些Excel默认但并不是很好的做法习以为常了。
我的回答虽然不能直接解决你的问题，不过希望能对你有所启发。

求高手指点一二

axis不过是两条直线，加tick，加label而已，操作上想在哪里画都行，
不过楼上suimong说的有道理，还得考虑‘专业’不‘专业’